Ο Γιώργος Θ. Μαυρογορδάτος γεννήθηκε στην Αθήνα και σπούδασε στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, από την οποία έλαβε δύο πτυχία: Πολιτικών και Οικονομικών Επιστημών (1967) και Νομικής (1969). Χάρη σε υποτροφία Fulbright, συνέχισε τις σπουδές του στις ΗΠΑ, όπου έλαβε πρώτα M.A. Πολιτικής Επιστήμης από το Πανεπιστήμιο Purdue (1972) και ύστερα Ph.D. Πολιτικής Επιστήμης από το Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας στο Μπέρκλεϋ (1979).
Ως φοιτητής, ήταν ηγετικό στέλεχος του φοιτητικού κινήματος και χρημάτισε Αντιπρόεδρος Διεθνών Σχέσεων της Εθνικής Φοιτητικής Ένωσης Ελλάδας (ΕΦΕΕ). Μετά την πτώση της δικτατορίας, υπήρξε ενεργό μέλος της «Ομάδας Επιστημόνων για ένα Δημοκρατικό Σύνταγμα» και επιμελήθηκε τη δημοσίευση των προτάσεών της. Στη συνέχεια, ήταν σύμβουλος της Αξιωματικής Αντιπολίτευσης κατά τη συζήτηση του Συντάγματος το 1975. Εισηγήθηκε τη συγκρότηση της Επιστημονικής Υπηρεσίας της Βουλής το 1982, μετά από πρόσκληση του τότε Προέδρου της.
Ύστερα δίδαξε Πολιτική Ιστορία και Πολιτική Επιστήμη στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και σε διάφορα ξένα πανεπιστήμια ως επισκέπτης καθηγητής. Επίσης αρθρογράφησε για την πανεπιστημιακή μεταρρύθμιση επί τριάντα χρόνια (1983-2012).
Για το βιβλίο του Stillborn Republic τιμήθηκε με την ανώτατη διάκριση της Αμερικανικής Εταιρείας Πολιτικής Επιστήμης.
Πρόσφατα βιβλία του είναι: 1915: Ο Εθνικός Διχασμός (2015), Μετά το 1922: Η παράταση του Διχασμού (2017), Tα γράμματα στην Πάολα (2018), Αναμνήσεις ενός μολυβένιου στρατιώτη (2019), Εθνική ολοκλήρωση και διχόνοια: Η ελληνική περίπτωση (2020).