Ο Γιάννης Κουμπουρλής γεννήθηκε στην Αθήνα το 1970. Σπούδασε Κοινωνιολογία στο Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών (1988-1992). Συνέχισε τις σπουδές του στη Σχολή Ανωτάτων Σπουδών στις Κοινωνικές Επιστήμες στο Παρίσι, από την οποία του απονεμήθηκε ο μεταπτυχιακός τίτλος D.E.A. (1993) καθώς και ο τίτλος του διδάκτορα Ιστορίας (2000). Έχει διδάξει στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου καθώς και σε μεταπτυχιακό πρόγραμμα του Παντείου Πανεπιστημίου, ενώ από το 2010 διδάσκει Ιστορική Κοινωνιολογία της νεότερης ελληνικής κοινωνίας στο Πανεπιστήμιο Κρήτης (Ρέθυμνο), όπου σήμερα κατέχει τη βαθμίδα του Αναπληρωτή Καθηγητή. Την περίοδο 2010-2014 ήταν φιλοξενούμενος ερευνητής στο Ινστιτούτο Ιστορικών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Από το 2001 διδάσκει επίσης Ελληνική Ιστορία στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο. Κατά το ακαδημαϊκό έτος 2013-2014 ήταν προσκεκλημένος καθηγητής στη Σχολή Ανωτάτων Σπουδών στις Κοινωνικές Επιστήμες στο Παρίσι. Τα ερευνητικά του ενδιαφέροντα άπτονται της ιστορικής κοινωνιολογίας, της νεοελληνικής ιστοριογραφίας και της ιστορίας των πολιτικών κινημάτων και των ιδεολογιών στα Βαλκάνια και την Ευρώπη (18ος-20ός αιώνας), με έμφαση στις εθνικιστικές και τις σοσιαλιστικές ιδέες. Από τις Εκδόσεις του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών έχουν εκδοθεί τα βιβλία του La formation de l’histoire nationale grecque. L’apport de Spyridon Zambelios (1815-1881) (Αθήνα 2005) και Οι ιστοριογραφικές οφειλές των Σπ. Ζαμπέλιου και Κ. Παπαρρηγόπουλου. Η συμβολή Ελλήνων και ξένων λογίων στη διαμόρφωση του τρισήμου σχήματος του ελληνικού ιστορισμού (1782-1846) (Αθήνα 2012).