Ο Σπύρος Μαργέτης είναι πειραματικός φυσικός υψηλών ενεργειών και Καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Kent του Οχάιο από το 1997.
Η έρευνά του περιλαμβάνει συγκρούσεις βαρέων πυρήνων σε εξαιρετικά σχετικιστικές ενέργειες, καθώς προσφέρουν μοναδικές ευκαιρίες για μελέτη της συμπεριφοράς της πυρηνικής ύλης υπό ακραίες συνθήκες θερμοκρασίας (περίπου 4 τρισεκατομμύρια βαθμοί Κελσίου) και πυκνότητας. Αναμένεται ότι μέσα στο ζεστό και πυκνό πυρηνικό υλικό τα όρια των νουκλεονίων «θα ρευστοποιηθούν» και τα συστατικά τους (κουάρκ και γλουόνια) θα είναι ελεύθερα να μετακινηθούν στον εκτεταμένο όγκο της δημιουργούμενης «διάπυρης σφαίρας». Αυτή η «αποσαθρωμένη» φάση της πυρηνικής ύλης αναφέρεται συνήθως ως "Plasma Quark Gluon'', η ανακάλυψη του οποίου είναι ο πρωταρχικός στόχος της έρευνας. Αυτή η ύλη πιστεύεται ότι έχει σχηματιστεί κατά τις αρχικές στιγμές του Big Bang, όταν το Σύμπαν ήταν μόλις λίγων μικροδευτερολέπτων. Μπορεί επίσης να υπάρχει στον πυρήνα ενός αστέρα νετρονίων ή άλλων εξωτικών αστρονομικών αντικειμένων.
Αυτή η έρευνα διεξήχθη αρχικά στο CERN Super Proton Synchrotron (SPS) στη Γενεύη. Ο Δρ. Μαργέτης συμμετείχε σε δύο μεγάλα πειράματα, το CERN-NA35 και το CERN-NA49.
Εργάζεται στο Relativistic Heavy Ion Collider (RHIC), έργο του Υπουργείου Ενέργειας στο Long Island της Νέας Υόρκης και το πείραμα RHIC STAR από το 1992.