Ο Γιάννης Μπιτσάκης είναι κάτοχος πτυχίου Φυσικής του Τμήματος Φυσικής του Πανεπιστημίου Αθηνών, καθώς και κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου στην Ιστορία των Επιστημών και της Τεχνολογίας από το κοινό πρόγραμμα του Πανεπιστημίου Αθηνών και του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, ενώ ολοκληρώνει την διδακτορική του διατριβή με θέμα «Η ιστορία του Μηχανισμού των Αντικυθήρων και οι εκπαιδευτικές επιπτώσεις της».
Είναι μέλος της Ομάδας Μελέτης του Μηχανισμού των Αντικυθήρων και του Προγράμματος Ιστορίας, Φιλοσοφίας και Διδακτικής των Επιστημών και της Τεχνολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών και τού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Είναι, επίσης, μέλος της Εταιρείας Μελέτης Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας, της Επιτροπής Μελέτης Αρχαίας και Μεσαιωνικής Αστρονομίας και του Διεθνούς Συμβουλίου Μουσείων, καθώς και επιστημονικός συνεργάτης του Κέντρου Ιστορίας και Παλαιογραφίας του Μορφωτικού Ιδρύματος Εθνικής Τράπεζας (ΜΙΕΤ).