Ο Γιάννης Ταφύλλης γεννήθηκε και μεγάλωσε στη Δεσκάτη Γρεβενών.
Φοίτησε στo Tμήμα Ιπτάμενων της Σχολής Ικάρων και στη συνέχεια απέκτησε δύο μεταπτυχιακούς τίτλους σπουδών στην Επιστήμη των Υπολογιστών από το Πανεπιστήμιο του Essex της Αγγλίας, με εξειδίκευση στην ανάλυση και σχεδίαση πληροφοριακών συστημάτων υψηλών απαιτήσεων.
Υπηρέτησε στην Ελληνική Αεροπορία για εικοσιπέντε έτη, αρχικά ως πιλότος μαχητικών αεροσκαφών και στη συνέχεια ως επιτελής και επικεφαλής του φορέα για τη σχεδίαση και ανάπτυξη της υποδομής των Πληροφοριακών Συστημάτων που υποστηρίζουν το επιχειρησιακό έργο της Αεροπορίας.
Διετέλεσε Προϊστάμενος της Διεύθυνσης Διαχείρισης Λογισμικού των Ιπταμένων RADAR AWACS του NATO στη Γερμανία.
Στη διάρκεια της καριέρας του στην Αεροπορία του απονεμήθηκαν πέντε τιμητικές διακρίσεις.
Εργάστηκε ως πολιτικό προσωπικό στο ΝΑΤΟ και ειδικότερα στο Στρατηγείο Νοτιοκεντρικής Ευρώπης, με την ιδιότητα του Αρχιμηχανικού και Συμβούλου Πληροφορικής, έχοντας την ευθύνη για τη σχεδίαση και υλοποίηση πληροφοριακών συστημάτων μεγάλης κλίμακας. Επιπλέον, ανέλαβε την υλοποίηση εκτενών προγραμμάτων εκπαίδευσης σε χώρες του προγράμματος «Σύμπραξη για την Ειρήνη», για υποδομές και τεχνολογίες αιχμής στον τομέα Διοίκησης και Ελέγχου.
Εργάστηκε στον ιδιωτικό τομέα ως Σύμβουλος και Τεχνικός Διευθυντής σε εταιρείες ανάπτυξης λογισμικού.
Παρακολούθησε εξειδικευμένη εκπαίδευση σε διαχείριση έργων, προηγμένη διαχείριση διάρθρωσης, ποιότητας και τεκμηρίωσης, και ανασχεδιασμό επιχειρησιακών διαδικασιών στην Αγγλία, στο μοντέλο ωρίμανσης δυνατοτήτων (Capability Maturity Model) στις ΗΠΑ, και τη διαχείριση συμβάσεων στη Γερμανία.
Διετέλεσε Γενικός Γραμματέας του Δήμου Λαρισαίων και Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας.
Είναι παντρεμένος με την Αφροδίτη Κολονίτσιου και έχει δύο κόρες και έναν γιό.