Η Έφη Τσακαλίδου αποφοίτησε από το Τμήμα Χημείας του Αριστοτέλειου Πανεπιστήμιου Θεσσαλονίκης το 1980. Με υποτροφία του ιδρύματος «Α.Σ. Ωνάσης» συνέχισε τις σπουδές της στη Γερμανία και το 1986 πήρε διδακτορικό δίπλωμα στη Βιοχημεία από το Πανεπιστήμιο της Κολωνίας.
Το 1987 άρχισε να εργάζεται ερευνητικά στο Εργαστήριο Γαλακτοκομίας του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών και από το 2008 υπηρετεί ως Καθηγήτρια Βιοχημείας Τροφίμων στο Τμήμα Επιστήμης Τροφίμων και Διατροφής του Ανθρώπου. Παράλληλα, είναι η επιστημονική υπεύθυνη της συλλογής μικροοργανισμών ACA-DC του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας. Ερευνητικά ασχολείται με τα οξυγαλακτικά βακτήρια και ειδικότερα με θέματα ταξινόμησης, μεταβολισμού, φυσιολογίας, γενετικής, βιοπληροφορικής, βακτηριοσινών, προβιοτικών και τεχνολογικής απόδοσης. Έχει πάνω από 280 επιστημονικές δημοσιεύσεις, μεταξύ αυτών 92 άρθρα σε διεθνή περιοδικά, 11 κεφάλαια σε βιβλία, 106 ανακοινώσεις σε διεθνή συνέδρια, 66 ανακοινώσεις σε εθνικά συνέδρια και 8 προσκεκλημένες ομιλίες (εκτός συνεδρίων). Είναι μέλος και συντονιστής ερευνητικών προγραμμάτων, κριτής επιστημονικών άρθρων σε διεθνή περιοδικά, μέλος της Συντακτικής Επιτροπής διεθνών επιστημονικών περιοδικών καθώς και μέλος Επιστημονικών Ενώσεων.
Η Έφη Τσακαλίδου είναι Διευθύντρια του Εργαστηρίου Γαλακτοκομίας, και από το 2012 Αναπληρώτρια Πρόεδρος του Συμβουλίου του Γεωπονικού Πανεπιστημίου Αθηνών.